Los primeros años de independencia se desarrollaron entre luchas caudillescas organizadas por los militares para alcanzar la Presidencia de la República. En este contexto, entre 1836 y 1839, se conformó la Confederación Perú-Boliviana, disuelta luego de la derrota de Yungay contra el Ejército Unido Restaurador.

El ciclo del guano
Las pugnas entre caudillos continuaron hasta el primer gobierno constitucional del mariscal Ramón Castilla, quien pudo reestructurar y ordenar el Estado gracias a la bonanza económica generada por la exportación del guano de las islas del litoral. En 1865, se produjo un enfrentamiento con España por la ocupación de las Islas Chincha, para presionar al gobierno peruano, lo que éste gobierno interpretó como un acto de guerra. Tanto Chile como Ecuador, decidieron apoyar al Perú para su defensa, y mientras la escuadra española bloqueó los puertos de El Callao y Valparaíso, la flota aliada se apostó en la isla de Chiloé, al sur de Chile. En tanto la corbeta chilena Esmeralda capturó la goleta Covadonga en la batalla de Papudo y la escuadra aliada rechazó el ataque hispano en el combate naval de Abtao, antes de lo cual la Armada española bombardea el puerto de Valparaíso que no disponía de defensas, destruyendo más de la mitad de la flota mercante chilena. Posteriormente se atacó El Callao, pero sus grandes fuertes y su férrea defensa pusieron en graves apuros a la flota española, que debió retirarse y dejar las aguas sudamericanas.
Guerra con Chile
Batalla de Arica, Óleo de Juan Lepiani.
En 1879, Chile declaró la guerra al Perú, que intervino en un problema de impuestos entre Bolivia y Chile a razón de un Tratado de Alianza Defensiva Perú-Bolivia. Esta declaratoria de guerra, devino en lo que hoy se conoce como Guerra del Pacífico y que se desarrolló entre 1879 y 1883. La Guerra del Pacífico se desarrolló en varias etapas, correspondiendo la primera a la campaña naval y que culmina el 8 de octubre de ese año con el combate naval de Angamos, en donde se inmoló el almirante AP Miguel Grau Seminario, héroe máximo de la Marina de Guerra del Perú.
Luego de vencer a la escuadra peruana, Chile da inicio a la campaña terrestre de la guerra. Esta comenzó con el desembarco de Pisagua y se desarrolló durante cuatro años, hasta que luego del Manifiesto de Montán el gobierno de Miguel Iglesias firmó el Tratado de Ancón que puso fin a la guerra, a pesar de la oposición del gobierno de Lizardo Montero y la resistencia en la sierra peruana comandada por Andrés Avelino Cáceres, el denominado Brujo de los Andes. Una de las batallas más recordadas es la Batalla de Arica por la defensa liderada por Francisco Bolognesi.

Reconstrucción Nacional y dominación económica
Tras la guerra, se inició un período de "Reconstrucción Nacional" que, aunque de relativa calma, no conoció la reactivación económica ni la paz política hasta 1895 con la presidencia de Nicolás de Piérola, gobierno durante el cual se materializó una política pluto-aristocrática con unas clases alta y media que vivían acomodadamente al auspicio de los grandes capitales estadounidenses y un pueblo llano con diversas carencias, frente a las cuales reclamaron, principalmente ante las malas condiciones laborales.
La asunción de Augusto B. Leguía concluyó la serie de gobiernos aristocráticos. Leguía permaneció en el poder durante once años con una política paternalista hacia los indígenas, la creación de una momentánea bonanza, la manipulación del orden jurídico y la amedrentación de la oposición. Este período, conocido como el Oncenio, terminó en 1930 con el popular golpe de estado de Luis Miguel Sánchez Cerro, que inició un período de gobiernos militares y de irrupción de movimientos populares –como el APRA o el PCP– en el escenario político. Al final de este tercer militarismo se sucedieron presidentes democráticos interrumpidos primero por el Ochenio de Manuel Odría y un breve golpe militar para continuar con la sucesión presidencial. Hacia los años 1950 se inicia el éxodo rural, principalmente desde la sierra hacia las urbes de la costa, en busca de mejores condiciones de vida y educación para sus hijos.
Revolución de las Fuerzas Armadas
Gradualmente, durante los años 60 la crisis política se hizo patente, lo que provocó la revolución de las fuerzas armadas, en 1968, al comando del general Juan Velasco Alvarado con un mensaje antimperialista, especialmente anti-estadounidense, y antioligarca. Se instauró pues un régimen de corte estatista que impulsó varias y profundas reformas de diversos resultados que, globalmente y a largo plazo, tuvieron un impacto principalmente negativo en la economía nacional.
Hacia fines de los 70, el gobierno militar con todas las reformas producidas, se encontraba frente al descalabro económico, aún pese a que se había dado un cambio de mando en la cúpula militar y que la presidencia había sido asumida por el General Francisco Morales Bermúdez en el año de 1975. A pesar de esto, se dio el fin de la Revolución y se retornó a la democracia. Se redactó entonces una nueva constitución mediante una Asamblea Constituyente en 1979 y se convocó a elecciones en 1980.
Conflicto armado interno
Durante la década de 1980, el Perú enfrentó en una fuerte crisis económica y social, debido al descontrol del gasto fiscal, una considerable deuda externa y la creciente inflación junto con el conflicto armado interno, acentuada por la aparición de los grupos terroristas de inspiración comunista que pretendían instaurar un nuevo Estado mediante la lucha armada, como Sendero Luminoso primero y el MRTA después. El terrorismo obtuvo una respuesta represiva excesiva de las fuerzas armadas, la policía primero y el ejército después. Los combates entre ambos bandos significó la muerte de cerca de 70 mil personas entre combatientes, campesinos y citadinos.
La crisis entró en su fase más crítica a finales de la década, durante el primer gobierno de Alan García Pérez, cuando el Perú entró en una fuerte crisis económica debido al descontrol del gasto fiscal y la consiguiente hiperinflación que llegó a un máximo de 7.649% en 1990, mientras que Sendero Luminoso ya había incursionado en las grandes ciudades del país.
En medio de una creciente impopularidad termina su primer gobierno Alan García, siendo elegido en las elecciones de 1990 Alberto Fujimori, que desde el inicio de su mandato encontró una fuerte oposición en el Congreso por parte de APRA y del FREDEMO.
Alan García, actual presidente de la República (2006–2011).
Años recientes
Alberto Fujimori, quien asumió el poder en 1990, desató la crisis constitucional cuando disolvió el Congreso de la República el 5 de abril de 1992 y convocó a una asamblea constituyente para instaurar una nueva constitución política. Simultáneamente, se inició la recuperación económica mediante una drástica política de shock económico. Su gobierno aplicó el terrorismo de estado, se produjo paralelamente un proceso de corrupción del Estado en conjunto –que llegó a ser calificada de cleptocracia– con el entonces Jefe del Servicio de Inteligencia Nacional, Vladimiro Montesinos. Fujimori logra ser reelegido en 1995 e inicia varias importantes mejoras macroeconómicas y sociales, aunque no consigue solucionar la larga recesión económica que afectaba al país.
Fujimori fue reelegido en unas controversiales elecciones del 2000. Ese mismo año renunció a la Presidencia estando en Japón durante una gira oficial tras el escándalo de los vladivideos, que demostraron la red de corrupción encabezada por Montesinos. El Congreso eligió como Presidente interino al entonces congresista Valentín Paniagua, quien llevó a cabo las elecciones del 2001. Resultó vencedor Alejandro Toledo Manrique, quien inició una campaña internacional para extraditar a Fujimori. Sin embargo, Toledo se caracterizó por una continuación y profundización del modelo económico en vigencia, y pese a lograr un claro crecimiento macroeconómico y la reactivación de la economía, mejoraron poco las diferencias sociales.
Toledo, tras atravesar bajísimas tasas de popularidad debido a las denuncias por nepotismo, fue sucedido por el ex-presidente Alan García Pérez en 2006. Alan García, a pesar que en sus propuestas en campaña criticaba el gobierno de Toledo, ha continuado con la política económica del gobierno anterior, logrando baja inflación, un crecimiento notable de las exportaciones, del producto nacional bruto y un incremento de las reservas internacionales sobre los 30 mil millones de dólares a fines de 2007. A mediados del 2007, una serie de emboscadas que sufrieron agentes de la policía en el VRAE (Valle de los ríos Apurímac y Ene) pusieron en descubierto el rearme de Sendero Luminoso en este valle como en el Alto Huallaga en asociación con los narcotraficantes.
Todos los gobernantes del Perú desde 1821 hasta la actualidad. Durante toda la época republicana el Perú ha tenido Presidentes, Protectores, Dictadores, Jefes de Juntas de Gobierno, Presidentes Interinos.
1821-1822
Don José de San Martín (Supremo Protector)
1822-1823
José de La Mar (Junta de Gobierno)
1822-1823
Manuel Salazar y Baquijano (Junta de Gobierno)
1823
José de la Riva Agüero (Primer Presidente)
1823-1824 José Bernardo de Torre Tagle (Segundo Presidente)
1824-1826 Simón Bolívar (Libertador del Perú)
1826-1827
Andrés de Santa Cruz (Nacido en Bolivia)
1827
Manuel Salazar y Baquijano (Interino)
1827-1829
José de La Mar
1829-1833
Agustín Gamarra
1834
Pedro Pablo Bermúdez
1833-1835
Luis José de Orbegoso
1835-1836
Felipe Santiago Salaverry
1836-1837
Andrés de Santa Cruz (Confederación Perú-boliviana)
1838-1841
Agustín Gamarra
1841-1842
Manuel Menéndez (Presidente Interino)
1842-1843
Juan Crisóstomo Torrico
1842-1843
Francisco Vidal
1843-1844
Domingo Elias
1843-1844
Domingo Nieto
1844
Justo Figuerola
1844
Manuel Ignacio de Vivanco
1844
Ramón Castilla
1844-1845
Manuel Menéndez (Presidente Interino)
1845-1851
Ramón Castilla
1851-1855
José Rufino Echenique
1855-1862
Ramón Castilla
1862-1863
Miguel de San Román
1863
Ramón Castilla
1863
Pedro Diez Canseco (Presidente interino)
1863-1865
Juan Antonio Pezet
1863
Pedro Diez Canseco (Presidente interino)
1865-1868
Mariano Ignacio Prado
1868
Pedro Diez Canseco (Presidente interino)
1868-1872
José Balta
1872
Mariano Herencia Zevallos
1872-1876
Manuel Pardo
1876-1879
Mariano Ignacio Prado
1879
Luis La Puerta
1879-1881
Nicolás de Piérola
1881
Francisco García Calderón
1881-1883
Lizardo Montero
1883-1885
Miguel Iglesias
1885-1886
Antonio Arenas
1886-1890
Andrés A. Cáceres
1890-1894
Remigio Morales Bermúdez
1894
Justiniano Borgoño
1894-1895
Andrés A. Cáceres
1895
Manuel Candamo
1895-1899
Nicolás de Piérola
1899-1903
Eduardo López de Romaña
1903-1904
Manuel Candamo
1904
Serapio Calderón
1904-1908
José Pardo y Barreda
1908-1912
Augusto B. Leguía
1912-1914
Guillermo Billinghurst
1914-1915
Óscar R. Benavides
1915-1919
José Pardo y Barreda
1919-1930
Augusto B. Leguía
1930-1931
Luis Miguel Sánchez Cerro
1931
David Samanez Ocampo
1931-1933
Luis Miguel Sánchez Cerro
1933-1939
Óscar R. Benavides
1939-1945
Manuel Prado Ugarteche
1945-1948
José Bustamante y Rivero
1948-1956
Manuel A. Odria
1956-1962
Manuel Prado Ugarteche
1962-1963
Ricardo Pérez Godoy
1962-1963
Nicolás Lindley
1963-1968
Fernando Belaunde Terry
1968-1975
Juan Velasco Alvarado
1975-1980
Francisco Morales Bermúdez
1980-1985
Fernando Belaunde Terry
1985-1990
Alan García Pérez
1990-2000
Alberto Fujimori Fujimori
2000-2001
Valentín Paniagua Corazao
2001-2006
Alejandro Toledo Manrique
2006-2011
Alan García Pérez

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